Terdapat sembilan cabaran yang perlu diberi tumpuan apabila memasukkan probiotik ke dalam matriks makanan. Mereka adalah: 1. pemilihan terikan, 2. pengeluaran terikan, 3. bagaimana untuk menyuntik makanan, 4. bagaimana untuk memastikan kelangsungan hidup semasa pemprosesan, 5. bagaimana untuk mengelakkan kehilangan daya maju semasa penyimpanan, 6. bagaimana untuk mengira [Probiotik] Kiraan koloni, 7. Kesan ke atas sifat deria makanan, 8. [Pemeliharaan produk] kestabilan di rumah pengguna, 9. Dan memainkan peranan dalam saluran gastrousus.
Khususnya, dalam jus, asid organik sering membawa pH produk di bawah 4, yang akan menghalang kelangsungan hidup probiotik. Dalam pemilihan, probiotik yang bertolak ansur dengan pH rendah harus dipertimbangkan, seperti Lactobacillus berbanding Bifidobacterium.