Walaupun probiotik dianggap bermanfaat untuk kesihatan, bagi sesetengah orang, pengambilan awal mikroorganisma ini boleh menyebabkan pelbagai gejala yang tidak selesa. Apabila pertama kali mengambil probiotik, sesetengah orang mungkin mengalami gejala seperti kembung perut, cirit-birit, sakit kepala, demam, sakit otot, kabus otak, dan mungkin kebimbangan. Gejala-gejala ini dianggap sebagai tindak balas kepada perubahan yang berlaku dalam badan, seperti kematian patogen yang berpotensi atau pengaktifan semula tindak balas usus, fenomena yang kadang-kadang dirujuk sebagai "reaksi Herxheimer."
Tindak balas Herxheimer ialah tindak balas awal yang biasanya menunjukkan badan sedang menyesuaikan diri dengan persekitaran mikrob baru. Ini mungkin disebabkan oleh probiotik berinteraksi dengan komuniti mikrob sedia ada, menyebabkan kematian bakteria atau pembebasan metabolit yang mencetuskan gejala ini. Walaupun tidak selesa, tindak balas ini biasanya berumur pendek dan reda dengan cepat. Ia boleh dianggap sebagai sebahagian daripada proses homeostasis badan.
Ini biasanya hanya memberi kesan kepada sebilangan kecil orang, dengan simptom adalah ringan dan biasanya berlanjutan hanya beberapa hari hingga beberapa minggu. Jika gejala ini membuat anda tidak selesa, anda boleh mengurangkan dos anda atau berhenti menggunakannya selama beberapa hari sebelum mencuba lagi; jika gejala ini berterusan selama lebih daripada beberapa minggu, berhenti menggunakannya; jika anda mengalami sesak nafas, tekak tercekik, gatal-gatal atau simptom tindak balas alahan yang lain, sila hentikan penggunaannya dengan segera. Untuk mengurangkan kemungkinan kesan sampingan, terutamanya bagi mereka yang mempunyai sistem pencernaan yang sensitif, adalah bijak untuk memulakan dengan sedikit probiotik dan kemudian meningkatkan dos selama beberapa minggu.
Probiotik perlu digunakan dengan berhati-hati pada mereka yang mengalami kekurangan imun yang teruk, kerana dalam kes yang jarang berlaku, pengambilan probiotik boleh menyebabkan jangkitan. Ini kerana sistem imun tidak dapat mengawal pembiakan mikroorganisma dalam badan dengan berkesan, menyebabkan risiko jangkitan.
Sesetengah orang mungkin mengalami reaksi alahan terhadap jenis probiotik tertentu, terutamanya yis yang berkaitan dengan Saccharomyces boulardii. Jenis probiotik lain, seperti lactobacilli, secara amnya tidak mencetuskan tindak balas alahan.
Sesetengah probiotik boleh menghasilkan histamin dalam saluran penghadaman. Pembebasan histamin yang berlebihan boleh menyebabkan gejala seperti gatal-gatal, peningkatan pengeluaran air mata, hidung berair, kesukaran bernafas, kemerahan dan bengkak, terutamanya bagi mereka yang mempunyai intoleransi histamin. Elakkan strain probiotik ini untuk mengelakkan ketidakselesaan.